Christian Wellekens a reçu le diplôme d'Ingénieur Civil Mécanicien Electricien de l'Université de Louvain, en Belgique en 1965 et un doctorat de l'Ecole Polytechnique Fédérale de Lausanne, en Suisse en 1974.
Depuis sa retraite, il a obtenu en 2013 un master en Philosophie à l'Université catholique de Louvain. Se spécialisant en idéalisme allemand, il prépare une thèse de doctorat sur la "Liberté et l'Etat".